元初忽必烈在中央设置总制院，作为管理全国佛教事务和吐蕃军政事务的机构。

1288年，“因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故，更名宣政院”。

以帝师总领。

长官为院使。

宣政院的职责仍是掌佛教僧徒及吐蕃事务，但它的地位却提高到同枢密院、御史台并列，都是秩从一品的高级官署。

宣政院所辖吐蕃之地，分置吐蕃等处宣慰司、吐蕃等路宣慰使司和乌思藏、纳里速古鲁孙三路宣慰司，其官员“军民通摄，僧俗并用”，主要官员由帝师和宣政院荐举，朝廷任命。

宣政院的设置，加强了中央政府对西藏地区的管辖，使西藏成为我国中央政府直属的一个地方行政区域。