马拉维湖和东非大裂谷一样是由于强烈的地壳断裂运动形成的，这一地区的地壳处在大运动时期，整个区域出现抬升现象，地壳下面的地幔物质上升分流，产生巨大的张力，正是在这种张力的作用之下，地壳发生大断裂，从而形成裂谷。

裂谷深的地方形成湖泊，这一类湖泊一般较深。