康熙四十一年（1702），康熙帝南巡到德州，皇太子得病，召索额图至德州侍疾。

留居月余，皇太子病愈，一起回北京。

这次康熙帝突然召索额图到德州的原因，表面上是令探视皇太子，其真实含意并非如此。

索额图为皇太子生母孝诚仁皇后的叔父，太子与索额图关系又很密切。

后来康熙帝逐渐对太子行事不满，索额图也被牵连在内。

先是，康熙三十九年即有人告发索额图，康熙帝没有处置。

倾陷索额图的人，首先令人注目的是高士奇。

高士奇家道贫困，但长于诗文书法，被推荐给索额图。

索额图常以“椒房之亲，且又世贵，侍士大夫向不以礼，况高是其家奴狎友，其召之幕下也，颐指气使，以奴视之”。

以后高士奇被康熙帝破格提拔，高官显贵，但见索额图时，“犹长跪启事，不令其坐。

且家人尚称为高相公，索则直斥其名，有不如意处，则跪之于庭，而丑诋之”。

索额图有时还“切齿大骂，辱及父母妻子”。

为此，高士奇怀恨在心，“遂顿忘旧恩，而思剚刃于其腹中”。

康熙四十二年，高士奇随驾北上，这时他已背叛索额图，投靠明珠。

明珠与索额图“权势相侔，互相仇轧”。

康熙帝回京后，于四十二年（1703）将索额图处死。

康熙四十七年（1708），康熙帝曾对大臣们列举了皇太子的“种种恶端”，又说：“从前索额图助伊（皇太子）潜谋大事，朕悉知其情，将索额图处死。

今允礽（皇太子）欲为索额图复仇，结成党羽。

”据礼亲王昭梿说：索额图在狱中时，曾有“客潜入狱馈饮食，及公伏法，客料理丧殓事毕，痛哭而去，不知所终”。

索额图的同党多被杀，被拘禁、被流放；同祖子孙都被革职，其二子格尔芬、阿尔吉善被处死。

康熙帝对索额图一生所参与的重要军政大事，除与沙俄在尼布楚的谈判外，全面给予否定，并说“索额图诚本朝第一罪人也”。

这是不符合历史事实的，也是极不公正的评价。