不相干，根据《旧唐书·刘仁轨列传》中记载的和我对资治通鉴的理解，他们只是同僚，有一定的私交，应该不是同宗。

另外，刘姓传自匈奴“独孤”，到唐朝不算太久，古人对辈分排序非常看重，他们同属“仁”班，应该有一定关系。

不过在《旧唐书`刘仁轨列传》讲到刘仁愿出征前，与刘仁轨有私仇的李义府找到他让他找机会将刘仁轨杀死，但刘仁愿以国家为重，没忍心下手。

根据这样的记载，刘仁愿与刘仁轨肯定没有很近的关系。