1334年，宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。

宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和元帅府、万户府等。

自宣慰使都元帅至万户等各级官员多以当地僧俗首领担任，由帝师或宣政院荐举，朝廷授职。

管辖地大约包括西藏、青海、四川西部、云南一部等处，这就是所谓的“大藏区”PS：灭南宋时，曾设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。