首先要把所有的序列复制到windows自带的记事本中，全部以fasta格式存到同一个文件中，保存成*.txt，序列内部最好不要有空格或者换行。

序列格式举例如下：“>序列1 ATCG..........ATCG >序列2 ATCG..........ATCG >序列3 ATCG..........ATCG >序列4 ATCG..........ATCG” 然后用Bioedit打开刚才保存的文件*.txt，点击窗口上方的Accessory application菜单，再点击clustelW multiple alignment，这时候会弹出一个窗口，直接选择Run clustalW，又弹出一个窗口，选择ok，等待结果就行了。

最后的比对结果可以保存成*.fas格式，适用于各种分析。