小周天的运行路线主要是内气从下丹田开始，逆督脉而上，沿任脉而下，经历尾闾、夹脊、玉枕三关，上、中、下三丹田和上下鹊桥(上鹊桥在印堂、鼻窍处，下鹊桥在会阴、谷道处)作周流运转。

具体操作方法是使用意识假想丹田有一股热气，由丹田下行，循小腹，抵脐下四寸中极穴，经会阴，过谷道(肛门)至尾闾，沿夹脊棘突中上行，达头顶百会穴，再下颜面，过喉，由胸腹正中线入丹田中。

小周天的运行路线还包括下丹田-会阴-尾闾-命门-夹脊 - 大椎-玉枕-百汇-上丹田-鹊桥-重楼-中丹田-下丹田。

此外，小周天的运行路线还可以通过真气循十二正经一周或真气沿着奇经八脉一周来实现。