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过实习期被扣12分的惩罚方法是：吊销驾驶；机动车驾驶证申领和使用规定，机动车驾驶人在实习期内有记满12分记录的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。

被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型的，还应当按照规定注销其最高准驾车型驾驶资格。

扣12分的情况有：驾驶无牌无证机动车的；涂改、伪造、冒领机动车牌证、驾驶证或者使用失效的机动车牌证、驾驶证的；醉酒后驾驶机动车的。