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新疆医科大学研究生学院成立于2005年，1978年成为国家首批硕士学位授权单位，1986年获得新疆第一个博士学位授权单位。

自1978年招收第一批研究生以来，经过三十年的不懈努力，新疆医科大学的学位与研究生教育已形成一套较为完善的教育培养体系。

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