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小学人籍分离的后果是影响上初中。

在籍不在校学生，属于确认已转到外校就读的学生，要督促学生家长尽快办理学籍转接手续；属于不具备转学条件而外出的学生，要督促学生家长尽快让学生回校就读；属于重度残疾不能到校的学生，要组织教师送教上门服务。

在校不在籍学生属于符合入学或转学条件的学生，及时办理就读手续；属于违规招收或转入的学生，要及时予以清退，严禁学生擅自旁听借读；属于没有户口的学生。

根据《普通高等学校学生管理规定》，按照国家招生规定录取的新生，持录取通知书，到校办理入学手续，复查合格者予以注册，取得学籍。复查不合格者，由学校区别情况，予以处理，直至取消入学资格。

凡属弄虚作假、徇私舞弊取得学籍者，一经查实，取消学籍。冒名顶替取得学籍并获得证书者，一经查实，追回证书，并在教育部指定的学历证书查询网站上撤销学历证书电子注册信息。

未经省级招生部门录取的学生，不管其在校学习时间多长，均无学籍。即使修业期满，成绩合格，也不能获得国家承认的普通高等教育学历证书。

本文到此结束，希望对大家有所帮助。