《重生之门》的大结局主要围绕庄文杰和罗坚等人对许正清的追捕以及庄文杰个人成长的展现。在剧情中，许正清这个角色最终落网，他被揭露为背后操纵一切的“先生”，并且因为涉及多项罪行被判处死刑。庄文杰在剧情中提供了重要线索，帮助罗坚揭露了洛神画背后的秘密，即南迁文物的具体位置。这一发现使得罗坚能够在许正清准备去找宝藏的途中将其逮捕。

庄文杰和罗坚成功破解了《洛神图》上的标记文物隐藏的地点，并抓获了幕后黑手许正清。丁生火也因许正清的落网而交代了所有罪行。罗坚和庄文杰还原了十二年前庄耀柏坠江的真相，揭示了许正清早有预谋要害庄爸，趁机剪断刹车线导致庄爸驾车坠江。

庄文杰因为协助办案有功，检察院对他不予起诉，他感觉前所未有的轻松。他的女朋友林芷悦一直对他不离不弃，两人继续维持着恋爱关系。然而，庄文杰在回到校园时收到了一条陌生短信，内容是“祝贺你，因为坚持，你做到了”，这让他感到惊讶，但并未发现任何异常。

总的来说，《重生之门》的大结局是一个圆满的结局，坏人许正清落网，庄文杰重新做回大学生，并与林芷悦确立了男女朋友关系。然而，剧情留下了一个悬念，即庄文杰收到的陌生短信可能暗示着他的父亲庄耀柏还活着，这为可能的第二部剧情埋下了伏笔。