咸海的水源主要靠阿姆河和锡尔河注入，上世纪五六十年代，两河上游地区的人们开展的大规模开荒造田运动使大量的河水被用于灌溉农田。

由于缺乏科学的灌溉系统，水资源浪费现象极为严重，阿姆河和锡尔河已基本不能再为咸海输水，咸海面积因此迅速缩减，最终被分为北部的小咸海和南部的大咸海两个部分。

随着海洋面积不断缩小，沙漠化和环境污染问题相继出现，生活在咸海附近的人们感受到了巨大的生存压力。

（人为原因） 另外，咸海深处内陆环境，蒸发量大(特别是春季转暖以及夏季的时候），降水量少（深处内陆，海洋气流很难达到这里），这更加剧了其面积的缩减。

（自然原因）。