巡检司为中国元朝，明朝与清代县级衙门底下的基层组织。

该组织于元朝首创时，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，其功能性以军事为0主。

明朝依其例沿用，不过佐以行政权力。

晚清，中国人口大增，相对的县衙数量并无增多，于是次县级的巡检司在数量上与功能上日渐增多，也多有通判等官职设置。