巴尔喀什湖位于亚欧大陆内部，深居内陆，属温带大陆性气候，蒸发量大于降水量，是一个内流湖，而湖的东部因缺少淡水河流注入，使盐度较高，盐份不断积累形成咸水湖。

2、巴尔喀什湖的西部有伊犁河注入，占总入湖水量的75% 至80% ，是巴尔喀什湖的最主要水源，对湖水盐分稀释作用明显。

3、巴尔喀什湖东西狭长，在它的中部有一狭窄的水道相连，东西部湖水交换不畅。

这就影响了湖水水体的交换，东部的咸水和西部的淡水间无法很好的相互交流，所以形成了一个湖泊东咸西淡的景观。