1）从两校的综合水平方面来比较的话，北京科技大学好于北京交通大学。

这个问题你可以参考中国统计出版社武书连版本的大学排名，即：《挑大学选专业2013高考志愿填报指南）（中国统计出版社2013年版本），武书连版本的大学排名，是国内目前较为权威、较为得到社会广泛认可的大学排名。

纳入该排行榜的大学共350所，其中，北京市上榜高校35所，北京科技大学排行全国第47名，北京市内第8名；北京交通大学则排行全国第66名，北京市内第11名。

2013年该排行榜之中，北京高校的全国排名、得分如下：全国排名院校得分2北京大学195.923清华大学189.1719中国人民大学69.4622北京师范大学65.3526北京航空航天大学59.8930中国农业大学50.7431北京理工大学47.7347北京科技大学31.655北京化工大学29.3157首都医科大学27.3460北京交通大学26.3965北京工业大学25.2580华北电力大学18.8282北京邮电大学18.5193中国石油大学（北京）16.7297首都师范大学16.398中国地质大学（北京）15.97111北京林业大学14.08118中国政法大学13.63121中国传媒大学13.41133中央财经大学11.98149对外经济贸易大学10.51167北京中医药大学9.56176中央民族大学9.24181北京外国语大学9.13203中国矿业大学（北京）8.17215北京工商大学7.21223首都经济贸易大学6.83236北京联合大学6.34238中央音乐学院6.26258北京语言大学5.66262北京体育大学5.44293中央美术学院4.52324北京信息科技大学4.06330北京第二外国语学院4资料来源：《挑大学选专业2013高考志愿填报指南》（中国统计出版社2013年版）（2）就计算机科学与工程的学科水平排名而言，北京交通大学则略好于北京科技大学。

这个问题你可以参考“教育部学位与研究生教育发展中心”发布的《2012年学科评估结果》。

教育部学位与研究生教育发展中心组织开展的学科评估，是按照《学位授予和人才培养学科目录》的学科划分，对具有研究生培养和学位授予资格的一级学科进行的整体水平评估。

在该排行榜的计算机科学与技术学科排名之中，北京交通大学获72分，北京科技大学获70分。

《2012年学科评估结果》中的0812计算机科学与技术的全国高校排名如下：本一级学科中，全国具有“博士一级”授权的高校共60所，本次有50所参评；还有部分具有“博士二级”授权和硕士授权的高校参加了评估；参评高校共计120所。

注：以下相同得分按学校代码顺序排列。

资料来源：教育部学位与研究生教育发展中心《2012年学科评估结果》中国学位与研究生教育信息网。