普通来说，编码某一氨基酸的密码子越多，该氨基酸在蛋白质中出现频率越高（在真核生物蛋白质里含量最低的不是酪氨酸（Tyr)，是色氨酸(Trp)。

180多种天然氨基酸中，大多数是不参与蛋白质组成的，这些氨基酸被称为非蛋白His H 异亮氨酸 Ile I 甘氨酸 Gly G 天冬酰胺 Asn N 亮氨酸 Leu L。

亲水性氨基酸包括：甘氨酸（Gly）丝氨酸（Ser）苏氨酸（Thr）半胱氨酸（Cys），基本上所有的蛋白都含有20种氨基酸，只是蛋白的结构有所不同。