民办非企业单位与社会团体的主要区别有以下几点：1.社会团体可以举办民办非企业单位，而民办非企业单位不能举办社会团体；2.社会团体可以设立分支机构，而民办非企业单位则不得设立分支机构；3.社会团体是由公民自愿组成的会员制组织。

而民办非企业单位是企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。