新财富集团通过行贿、内外勾结以及设立关联公司等非法手段，操控了13家村镇银行。

新财富集团首先通过行贿和内外勾结，获取了金融系统内部关键人物的影响力，这为集团进行后续操作打开了方便之门，新财富集团利用这些关系，通过质押股权等方式在银行内部获得贷款，并将这些资金用于进一步扩张其在其他银行的股权。此外，新财富集团还通过设立多家关联公司，利用这些公司身份在银行内部申请各种贷款，并将这些资金挪出用于其他目的。

新财富集团的这种操作方式涉及复杂的金融手段，包括股权质押、贷款挪用等，最终导致其控制了多家村镇银行和农商银行的股权。这种控制方式不仅涉及非法资金操作，还包括了行贿、内外勾结等非法行为，最终使得新财富集团能够大量挪用资金，部分资金用于股东挥霍、行贿和内外勾结，部分资金用于资本运作，而最大的一部分则是被转移至境外进行藏匿。