海洋蓝洞的形成主要有两种成因，分别是石灰岩溶洞成因和珊瑚礁生长结构成因。两种成因的介绍如下：

这两种成因的蓝洞在结构上有明显差异，石灰岩溶洞成因形成的蓝洞往往保留有石笋、石钟乳等遗迹，而珊瑚礁生长结构成因形成的蓝洞内则不会观察到这些石灰岩溶洞结构。